Burggraf Albrecht III. († 1427) gibt in einer Urkunde vom 6. Dezember 1424 die Erbauung einer neuen Kapelle in Ziegenhain unter dem Schlosse Windberg bekannt (Glaue S.12). Nach Mühlmann findet sich in der “für den Kirchenbau des Ortes grundlegenden Urkunde“, die am 13. Dezember 1424 in Zeitz ausgestellt wurde, der Hinweis “Nova Capella“ für die durch Albrecht III. gestiftete Marienkapelle. Bischof Johann II. von Naumburg erteilte 1425 eigens einen Ablassbrief, durch den zusätzliche Gelder für den weiteren Ausbau einer “geräumigen und würdigen Kirche“ (Mühlmann, 1986, S. 122) beschafft werden sollten.

Der aus Muschelkalk im ersten Viertel des 15. Jahrhunderts errichtete gotische Bau bestand zunächst aus einem “ansehnlichen“ Chorraum mit 5 spätgotischen Fenstern.

Die Bauarbeiten an der Kirche wurden nach dem Tode Albrechts III. 1427 und durch den sächsischen Bruderkrieg 1446 – 1451 unterbrochen.

Weitere Ablassbriefe wurden von Papst Nikolaus V. 1453 und von Papst Paul II. 1466 für den weiteren Bau der Kirche in Ziegenhain ausgeschrieben (Glaue S. 16, s. auch O. Mühlmann, S. 132, Anm. 17).

Reste von Konsolen an den Wänden des Chores werden auf Grund der unregelmäßigen Bruchflächen als ein Hinweis auf eine ehemalige gotische Einwölbung angesehen (Storch 1991). Diese Interpretation wird jedoch von Mühlmann (1986/87, S. 124) abgelehnt.

Mit der Ausschreibung der Ablassbriefe im Jahre 1453 wurde offenbar versucht, den bisher unvollendeten Bau abzuschließen. Aber erst 1466 wurde mit dem Ablassbrief durch Papst Paul II. das Baugeschehen wieder sichtbar belebt.

Offenbar war das dreischiffige Langhaus vor der Reformationszeit, wenn auch nicht eingewölbt, jedoch so weit fertig gestellt, dass die Wallfahrten nach Ziegenhain in vollem Umfang durchgeführt werden konnten. 

In dieser Zeit entstand das dreischiffige Langhaus mit dem spätgotischen westlichen Portal (Abb. 6a). Wie an den Steinmetzzeichen (Abb. 6b) zu sehen ist, war einer der Baumeister Peter Heierliß (geb. 1440).

Der angesehene Bildhauer und Baumeister wirkte in Jena und Umgebung zwischen 1475 und 1494 u.a. auch als Baumeister an der Michaeliskirche, der Schillerkirche und der Kirche in Golmsdorf.