Nach der Reformation erfolgten wesentliche Umbauten an der Kirche. Aus der gotischen Wallfahrtskirche entstand eine protestantische Gemeindekirche. 1636 wurde die Westseite des Chores zu dem Ruinenteil des dreischiffigen Langhauses durch eine Steinwand abgetrennt.

1691 erfolgte der Einbau der Patronatsloge. Durch diese und zwei neu eingebaute Emporen wurden die mittelalterlichen Wandbemalungen verdeckt.

Der Kirchenraum wurde zum Dachstuhl durch eine noch heute erhaltene Bretterdecke abgeschlossen.

1694 erfolgte der Einbau eines Pyramidenkanzelaltars. Er gehört heute in seine für den protestantischen Barockstil typischen Ausführungen zu den beudentenden Kunstwerken der protestantischen Kirchenkultur in Thüringen. Während der Sanierung des Innraums der Kirche wurde der den Kirchenraum prägende Aufbau 1987 aus der Kirche entfernt und in dem Kulturgütermagazin der Evang.-Luth. Kirche zwischengelagert.