Die "Marienkirche", in älteren Postkarten und Ansichten auch als "Bonifaziuskirche" oder Kirche "Unserer lieben Frauen" bezeichnet, liegt am südlichen Hang des Hausberges östlich von Jena im Zentrum des Dorfes Ziegenhain (N 50° 55` 11`` ; E 11° 37`30``).

Von Jena ist die Kirche mit der Buslinie Nr.16 (Endstelle "Ziegenhainer Tal") und ca. 15 Minuten Fußweg entlang des kleinen Baches "Ziege" zu erreichen. Mit dem PKW kommt man zur Kirche über den "Holzweg" mit Parkmöglichkeit am Ortsrand nach ca. 5 Minuten Fußweg durch das weitgehend mittelalterlich erhaltene Dorf.