Erste urkundliche Erwähnung („Cigenhain) 1259, als Teil der Kaiserpfalz „Kirchberg“ aber sicher viel älter. Bis zur Reformation bekannter Pilgerort zum wundertätigen Marienbild in der Marienkirche. Seit dem 18. Jh. vor allem als „Bierdorf“ der trinkfesten Studiosi der alma mater und zusammen mit dem „Fuchsturm“ als beliebtes Ausflugsziel der Jenaer und ihrer Gäste bekannt. Das rasante Anwachsen der Einwohnerzahl zu Beginn des 20.Jhs. durch die Industrialisierung (Zeiss und Schott) führte zur Aufgabe der kommunalen Selbstständigkeit und zur Eingemeindung als Ortsteil Jenas im Jahre 1913. Als einer der ersten Stadtteile wählte das Dorf 1995 eine eigene Ortsbürgermeisterin und den Ortschaftsrat.
Die Schreibweise veränderte sich in 700 Jahren häufig, z.B.: von CIGENHAIN (1259) über ZEEGENHAYN, ZCEGINHAYN, ZEGENHAYN, ZIEGENHANN u.a.m. zu ZIEGENHAYN (Goethe) und jetzt ZIEGENHAIN. Der Name wird heute fast einmütig als „ein als Ziegenweide umhegtes Stück Wald“ gedeutet.
Die bekanntesten Ziegenhainer sind mehrere Generationen der Botanikerfamilie DIETRICH, die über 2 Jahrhunderte als Universitätsangestellte, Begleiter Goethes oder als Kräuterkundige wirkten und sich auch als „botanici von Ziegenhain“ bezeichneten. (www.david-dietrich.de)